Die erste Eröffnung einer Schule in Gonten dürfte im Jahre 1581 erfolgt sein. Damals erreichten die Gontner in einem Vertrag, dass ihnen der sonntägliche Gottesdienst in ihrer Kapelle geleistet wurde. Nach der damals herrschenden Praxis war die Geistlichkeit verpflichtet, in jedem Dorf eine öffentliche Schule für lateinischen und deutschen Elementarunterricht für die Jugend beiderlei Geschlechts zu halten. Das Ziel damals war: Damit aus ihnen gottesfürchtige, gehorsame, in guten Sitten und im Schreiben geschulte Menschen und dem Staate nützliche Glieder werden. Wir dürfen nicht an einen zielbewussten und täglich streng eingehaltenen Schulbetrieb denken, sondern müssen eine höchstens zwei Stunden dauernde Unterweisung vermuten. Hauptsächlich dürften nur Leseübungen abgehalten worden sein. Wohl wurde das Schreiben auch geübt, aber es kam erst an zweiter Stelle.
Die erste Erwähnung eines Schulhauses in Gonten datiert vom 24.1.1650. Einem gewissen Hauptmann Hans Broger wurde vom Geheimen Rat erlaubt, den Gontnern sowohl eine schöne Summe von 200 Pfund als auch ein Stück Boden für eine neue Schule zu schenken. Der erste namentlich erwähnte Schulmeister ist Karl Jakob Rechsteiner (gest. 1757). Er betätigte sich nebenbei als Mesmer und Organist und bekleidete überdies noch das ehrenvolle Amt eines Pflegers der Kapelle „Leiden Christi“ im Jakobsbad.
Im Jahre 1799 schuf der damalige Schulmeister Johann Jakob Georg Signer einen ausführlichen Bericht über die damals in der Schule Gonten herrschenden Verhältnisse. Daraus ist zu entnehmen, dass im Sommer zweimal je zwei Stunden und im Winter nur einmal täglich Schule gehalten wurde. Der Lehrer erhielt für seine Dienste vierteljährlich von jedem Kind drei Batzen, welche die Eltern oder die Rhoden, denen sie angehörten, zu bezahlen hatten. Die Schülerzahl belief sich im Sommer auf 60, im Winter jedoch nur auf die Hälfte davon. Kaum die Hälfte aller heranwachsenden Kinder dürfte die Schule besucht haben.
Ein Lehrer verdiente zu dieser Zeit jährlich etwa 36 Gulden. Zum Vergleich: Eine Kuh kam von 1790 -1797 auf 52 und von 1800-1802 sogar auf 82 Gulden zu stehen. Wie schwierig die Situation für die Lehrer zu jener Zeiten waren illustriert eine Tagebucheintragung des Lehrer Dähler im Jahre 1838: Der Schuldienst in Gonten trägt täglich ein 14 Kreuzer 2 Heller. Der Mesmerdienst trägt täglich ein 5 Kreuzer 6 Heller. Der Orgeldienst trägt täglich ein 4 Kreuzer. Dafür bin ich als Mesmer verpflichtet in einem Jahr wenigstens 4380 Mal die Glocken zu läuten, die gehörige Kirchenwäsche zu reinigen, wie auch alle Ornate und Kirchengeräte in gutem Zustande und reinlich zu halten, wöchentlich die Kirche zu säubern und alle Sonntage das sogenannte junge Volk von Nachmitttags 3-6 Uhr im Schulhaus zu halten und denselben auf eigene Kosten ein Licht zu halten, ferner im Winter um die Kirche den Weg offenzuhalten, zu gewissen Zeiten das Brunnenbett zu säubern und einen Bürgen zu stellen. Als Lehrer muss ich täglich 4 Stunden Schule halten und vom 1. Sonntag März bis letzten Sonntag Oktober an Sonn- und Feiertagen 2 Stunden Repetierunterricht geben. Als Organist habe ich nebst dem vorkommenden Orgelschlagen und Singen alle Sonntage den Sängern Gesangsunterricht zu geben und die Ministranten zu unterrichten.
Bereits 1811 beschloss der Grosse Rat die Unentgeltlichkeit des Schulunterrichts im ganzen Kanton. Im Jahre 1858 wurde das Schulobligatorium erlassen. Ab Dezember jenes Jahres wurde auch neu eine Oberschule gehalten. Dafür wurde eine eigens dafür bestimmtes Reglement erlassen. Daraus einige Punkte: Schulzeit vormittags von 8 bis 11 Uhr und nachmittags von 1 bis 4 Uhr.
Zu Beginn der Schule wird gebetet. Dem recht anspruchsvollen und fortschrittlichen Programm sowohl für die zehn- bis vierzehnjährigen Schüler entnehmen wir ferner: 1. Alle Morgen Lesen und Erklären eines Capitels aus der hl. Schrift. 2. Lesen und Erklären des Schulbuches. 3. Kopfrechnen. 4. Zifferrechnen 5. Deutsche Sprache 6. Schönschreiben 7. Einfache Buchhaltung 8. Erdbeschreibung (Schweiz) 9. Schweizergeschichte 10. Naturkunde nach Wartmann 11. Gesang. Die Anfänge waren für alle sehr schwierig. So heisst es im ersten Tagebuch der neuen Schule: Es lesen alle falsch und unbetont. Sie rechnen nicht einmal die vier einfachen Spezies, von Sprachlehre war nach dieser Aussage keine Rede. Von sog. Realkenntnissen natürlich keine Spur. Disziplin äusserst vernachlässigt.
Von eigentlichen Schulferien wusste man lange Zeit nichts, mit Ausnahme eines kürzeren Unterrichtsunterbruches während der Heu- und Emdernte. Der Pfarrer verkündete jeweils von der Kanzel herab die schulfreien Tage. Seit Februar 1874 sollen zudem an Weihnachten zwei Wochen und vor Ostern eine Woche Ferien stattgefunden haben.
Ende des 19. Jahrhunderts wurden bei den jährlich stattfindenden Rekrutenaushebungen neben den Bedürfnissen der Armee auch die schulischen Kenntnisse beurteilt. Bei dieser bildete Innerrhoden das Schlusslicht aller Kantone. Der Bildungsstand der Innerrhoder Schuljugend war trotz eifrigem Bemühen seitens der Behörden sehr mangelhaft. So gab es im Jahre 1884 nichts Erfreuliches über die fünf geprüften Jünglinge aus Gonten zu berichten. Sie schlossen wie folgt ab: («5» als höchste Note, kantonaler Durchschnitt in Klammern) Lesen 1.8 (2.32), Aufsatz 2.2 (2.66), mündliches Rechnen 1.8 (2.76), schriftliches Rechnen 2.4 (3.1) Vaterlandkunde 2.8 (3.52), durchnittlich 2.2 (2.87)
Ab 1895 trat die fortschrittliche Entwicklung des Schulwesens in Gonten ein, die an den Finanzhaushalt der Schulgemeinde manch grosse Anforderungen stellte. Ab diesem Jahr wurde die Schulgemeinde Gonten mit der wirksam gewordenen Urkunde rechtlich verselbstständigt und von der Kirchgemeinde und ihrer Verwaltung losgelöst. Die damalige Kirchenkasse wurde in drei Kassen ausgeschieden, nämlich in Kirche-, Schul- und Gemeindekasse. Die Schulgemeinde übernahm das Schulhaus (altes Mesmerhaus) und musste als Entschädigung eine Schuld von 3200 Franken auf sich nehmen. Zur Tilgung der Schulden und zur Bewältigung von weiteren Aufgaben mussten die Steuern von 1.5%o auf 4%o erhöht werden. Getreu dem Grundsatz, dass wer bezahle auch befehle nahm man sich vor: Vermehrung der Schulzeit, Verschärfung der Bestimmungen gegen das Absenzenwesen und strenge Strafbestimmungen, sowie schon seit längerem nicht erfolgte Lohnaufbesserungen für die Lehrer in einem grösseren Ausmass.
Während 92 Jahren waren in Gonten ununterbrochen auch Menzinger Schwestern als Lehrpersonen tätig. Die erste Lehrschwester, Sr. Georgia Bauer, trat ihre Stelle 1893 an. Gehalt: 450 Franken/Jahr nebst freier Logis. Was etwas mehr als zwei Fünftel von dem Gehalt ihres Kollegen an der Oberschule war. So zahlte sich die segensreiche Tätigkeit der über 30 Ordensschwestern nicht nur in pädagogischer und religiöser Beziehung, sondern auch in finanzieller Hinsicht aus. Die letzte Lehrschwester, Sr. Aloysia Maria Danuser, verliess die Schule Gonten 1985.
Die Schule wechselte immer wieder ihre Gebäulichkeiten. Einige noch heute geläufige Namen von Häusern, deren Stube als Schulzimmer genutzt wurden: Schopfe-Alfreds, Beckshus, Erika, Schäfle. Im Jahre 1860 wurde vis-à-vis der Pfarrkirche ein Neubau eines Doppelschulhauses vollendet (jetziges altes Mesmerhaus). Für die Schulkinder und zwei Lehrerwohnungen war nun genügend Platz vorhanden.
Mitte der 1890-er Jahre wurde angesichts der steigenden Schülerzahlen das Bedürfnis nach neuen Schullokalen immer dringender. An der Schulgemeinde 1897 einigte man sich prinzipiell zugunsten eines neuen Schulhauses, musste aber zuerst noch den dafür günstigen Bauplatz finden. Schliesslich war es möglich ganz günstigen Boden zu erwerben: die pro m² zu 60 Rappen offerierte Heimat des ehemaligen Rhodshauptmanns J.B. Broger. Zur Finanzierung wurde eine Haushaltungssteuer von drei Franken beschlossen. An der Schulgemeinde 1900 wurde dann dem Schulrat die Kompetenz erteilt zur Ausführung des vorgeschlagenen Projektes des Herisauer Architekten Otto Schäfer. Voraussichtliche Kostensumme 95'000 Franken. Vom Schulpräsidenten Johann Josef Koller wurde betont, dass man einen Neubau auch für kommende Generationen bauen wolle. Zudem werde es ein leichtes sein, in drei Schulzimmern die Zahl der Schüler auf 200 bis 220 und mit Errichtung eines vierten Schulzimmers auf 300 Plätze zu erhöhen. Bereits am 20. Mai 1902 konnte das neue Schulhaus festlich eingeweiht werden. Die Baukosten kamen auf 103'000 Franken, daran der Kanton eine Subvention von 30'000 Franken leistete. Das alte Schulhaus (jetziges altes Mesmerhaus) wurde für 6'000 Franken an die Kirchgemeinde verkauft. Der Neubau lastete noch lange auf der Rechnung der Schulgemeinde. Erst im Jahre 1954 erfolgte die letzte Abzahlung der Schulden.
Obwohl seit 1874 das Turnen als Schulfach von den eidgenössischen Behörden vorgeschrieben war, wurde in Gonten erst 1886 für die männliche Jugend damit begonnen. Gonten besass damals einen voll genügenden Turnplatz. In dem im Mai 1900 angenommenen Plan mit Kostenberechnung für ein neues Schulhaus war ein Turnlokal vorgesehen, aber nicht ausgeführt worden.
1931 sah man die Notwendigkeit der Erteilung eines Turnunterrichtes für Mädchen ein. Dem schädlichen Einfluss des steten Sitzens in gebeugter Körperhaltung am Stickrahmen sollte damit entgegengearbeitet werden. Erst im Jahre 1963 wurde ein systematisches Mädchenturnen in allen Landschulgemeinden eingeführt.
Auch der aufkommende Skisport machte auch nicht vor den Schulen halt. Er entsprach dem damaligen medizinischen Trend zur gesunden Bewegung im Freien. Trotzdem hielt man hierzulande Ski-Hosen für Mädchen als für nicht schulfähig. 1938 erliess die Landesschulkommision, auf Drängen des Appenzeller Pfarrer Locher, den Schulbesuch der Mädchen in Ski-Kleidern sei zu untersagen. Es trage nämlich zur Verrohung und Vermännlichung der weiblichen Jugend bei, wenn man ihr Sportkleid zum Alltagskleid werden lasse. Bereits zu Beginn der 1960er Jahre wurde angeregt, eine Turnhalle zu bauen. Aber noch an der Schulgemeinde 1972 wurde ein Planungskredit mit 59 zu 52 Stimmen abgelehnt. 1976 war es dann aber so weit. Die Bezirksgemeinde beschloss, 200'000 Franken für ein Feuerwehrdepot und die Beteiligung an den nicht schulischen Zwecken dienenden Räumlichkeiten im Mehrzweckgebäude beizusteuern. Nachdem auch der Grosse Rat Subventionen von 165'000 Franken und der Bund 150'000 Franken in Aussicht stellten, genehmigte die Schulgemeinde ohne Gegenstimme einen Kredit in der Höhe von 700'000 Franken. Bereits am 16. August 1976 war Spatenstich und am 8. Januar 1978 konnte die neue Turnhalle in ihrer Funktion als Mehrzweckgebäude eingeweiht werden.
Entwicklung der Schülerzahlen
- 1843: 86 Schüler
- 1864: 133 Ober- & Unterstufe
- 1878: 142 Ober- & Unterstufe
- 1899: 212 Ober- & Unterstufe
- 1935: 235 Ober- & Unterstufe
- 1945: 167 Ober- & Unterstufe
- 1971: 138 nur noch Unterstufe
- 1998: 125 Schülerinnen und Schüler + 21 Kindergartenkinder
- 2012: 77 Schülerinnen und Schüler + 32 Kindergartenkinder
- 2024: 102 Schülerinnen und Schüler + 40 Kindergartenkinder